Sister School program merupakan kerja sama kemitraan yang luas, mengembangkan kerja sama dapat dilakukan antara dua sekolah atau lebih dalam sebuah kompleks, daerah tertentu, bahkan sampai antar sekolah yang berada pada negara yang berbeda. Bentuk bidang kerjasama yang dapat dilakukan diantaranya : pertukaran informasi, pertukaran budaya, pertukaran siswa, pertukaran guru dan peningkatan kompetensi guru dan sebagainya.

Dalam upaya untuk mencapai visi dan misi sekolah, SMA Kebangsaan melakukan berbagai cara yang salah satunya melakukan kerjasama. Kerjasama tersebut dijalin dengan SMA Taruna Nusantara Magelang yang selanjutnya menjadiSister School SMA Taruna Nusantara. Kerjasama tersebut bertujuan untuk peningkatkan mutu, kualitas pendidikan serta pembinaan di SMA Kebangsaan kedepannya. Standar sistem pendidikan dan pengasuhan disamakan dengan sistem yang diterapkan di SMA Taruna Nusantara Magelang