Sistem pendidikan di SMA Kebangsaan berpedoman pada UU No. 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan mengikuti Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 81 A Tentang implementasi Kurikulum 2013. Pendidikan di SMA Kebangsaan menggunakan Sistem Berasrama Penuh (Boarding School) dimana seluruh siswa, Guru, dan kepala Sekolah tinggal bersama dalam satu kampus.Kegiatan pendidikan, pembelajaran, pelatihan, dan peribadatan berlangsung sejak bangun tidur (pk. 04.30) hingga menjelang tidur malam (pk. 22.00). Setiap kegiatan sudah dijadwalkan waktu dan tempatnya. serta dibimbing oleh para pembina.
SMA Kebangsann menggunakan Kurikulum Pendidikan Nasional 2013 dan tambahan Mata Pelajaran Kepemimpinan, Kebangsaan, Bela Negara, Kebhinekaan, Empat Pilar Kebangsaan, dan beberapakegiatan, misalnya tata upacara bendera, baris-berbaris, mengenal medan (outbond), persami, ziarah ke TMP, napak tilas perjuangan Pahlawan Nasional, jumpa tokoh, serta Extra Lesson dan Ekstrakulikuler.
Kegiatan Belajar-Mengajar difokuskan pada keaktifan dan kreativitas siswa yang ditunjang dengan lab komputer, Internet, lab IPA/Bahasa, dan perpustakaan. Guru lebih berperan sebagai motivator, inspirator, konselor, dan mediator. Siswa terus dibimbing belajar hingga tuntas. Pengasuhan dan pelatihan dilaksanakan dengan prinsip kebersamaan dan kekeluargaan, saling asah, asuh, dan asih. Pendekatannya adalah persuasif edukatif, dan keteladanan dari dewan guru dan siswa senior.